Поява самураїв поклала початок боротьбі за перерозподіл влади, яка здавна належала аристократам. Першими самураїськими диктаторами стали представники роду Тайра, який 1185 року було повалено зусиллями родини Мінамото. Останні, на чолі з Мінамото но Йорітомо заснували перший самурайський уряд — сьоґунат у місті Камакура. Цей уряд спромігся відбити монгольські навали 1274 і 1281 років, але занепав через невдалу внутрішню політику.

Другим самурайським урядом був сьоґунат Муроматі, заснований 1338 року Асікаґою Такаудзі. Його нащадкам не вдалося створити ефективний централізований апарат, що стало причиною поступового розпаду Японії на регіональні протодержавні утворення провінційних володарів. Війна Онін (1467–1477) прискорила децентралізацію країни. Доба самурайських міжусобиць отримала назву період «воюючих країн».

Покласти край безвладдю в Японії спромоглися троє полководців — Ода Нобунаґа, Тойотомі Хідейосі та Токуґава Ієясу. Перший, за допомогою європейської зброї, ліквідував 1573 року сьоґунат Муроматі. Другий об'єднав країну, але не зміг передати владу своїм нащадкам. Третій спромігся знищити усіх відкритих опонентів і заснував 1603 року третій і останній сьоґунат у місті Едо, сучасному Токіо.

Із заснуванням нового сьоґунату розпочався період Едо. Центральна влада країни, вбачаючи небезпеку у християнстві розірвала усі зв'язки із Західним світом і здійснювала політику сакоку (ізоляції країни від Європи). Винятком були Нідерланди, які отримали дозвіл на торгівлю у порту Дедзіма у місті Нагасакі.

Ця доба ознаменувалася відсутністю внутрішніх воєн, стрімким розвитком економіки та «японізацією» іноземних запозичень. Були записані самурайські кодекси честі бусідо та закладено основи японської національної філософії та науки кокугаку. Поширення писемності, спільні культурні риси, відносна централізація влади та тривалий мир у країні сформували основи сучасної політичної японської нації.