Панівною релігією мешканців Японії є автохтонне язичництво — синто. Воно поєднує в собі елементи анімізму, фетишизму, тотемізму та примітивної магії. Об'єктом вшанування цього пантеїстичного культу є божества камі — духи природи, визначні діячі минулого, герої японського фольклору. Історично синто розвивалося в діалозі з буддизмом, даосизмом, конфуціанством і християнством, які справили вплив на еволюцію язичницького світогляду, пантеону та обрядовості. Синто було державною релігією Японії протягом 1870–1945 років. Її першосвящеником виступав Імператор, нащадок богині сонця Аматерасу. Після секуляризації країни у другій половині 20 століття синто втратило державну підтримку, однак залишилося популярним серед японців. За урядовою статистикою станом на грудень 2008 року близько 105,8 мільйонів японців вважали себе синтоїстами . Вони приписані до 88 тисяч громад, більшість з яких об'єднано в Асоціацію синтоїстьких святилищ під егідою Святилища Ісе .

Другою за значенням релігією Японії є буддизм. Він поширився в країні у 5 — 7 століттях зусиллями корейських та китайських ченців-проповідників. Ця релігія представлена декількома течіями, найбільшими з яких є езотеричний буддизм, амідаїзм, нітірен-буддизм та дзен. Кожна з течій поділяється на ряд дрібних сект. Спільним для всіх напрямків є визначення буття як страждального кола перероджень. Спасіння від буття полягає у виході з нього, шляхом звільнення від пристрастей і досягнення просвітлення — нірвани. Існування трансцендентального Бога чи Абсолюту, людської душі та вічності заперечується. За даними Міністерства культури станом на 2008 рік понад 89,5 мільйонів жителів Японії сповідували буддизм . Завдяки традиції синто-буддистського синкретизму, частина буддистів є одночасно синтоїстами. Станом на 2000 рік найбільша кількість вірян-буддистів належала до амідаїстької течії буддизму (19,5 млн), а саме Істинної секти Чистої землі (6,9 млн) 27. Другою за величною течією був нітірен-буддизм (17 млн), з його найвпливовішою сектою Нітірен (3,5 млн). Третє місце посідали групи сект езотеричного буддизму — Сінґон (12,7 млн) та Тендай (3,4 млн). Дзен-буддизм сповідували 3,5 млн чоловік, а вірянами найстаріших сект, так званого, «нарського буддизму» були лише 0,7 млн осіб .

Християнство — третя найбільша релігія країни. Японці познайомилися з ним у 16 столітті, завдяки діяльності католицьких місіонерів Товариства Ісуса. Церква швидко розросталася, проте через інтриги буддистського духовенства зазнала репресій і була заборонена впродовж 17 — 19 століття. 1873 року японський уряд скасував заборону і проголосив свободу совісті. Завдяки тому, що християни допомогли японцям створити новітню систему освіти, християнство стало панівною релігією в середовищі японської інтелігенції. Станом на 2008 рік кількість практикуючих японських християн різних деномінацій становила 2,14 мільйони осіб . За даними 2000 року більша частина з них належала до Римо-католицької церкви — 442 тисяч осіб . Решта була вірянами переважно протестантських конфесій. В країні також діє нечисленна Японська православна церква Московського патріархату та місія Української-православної церкви Київського патріархату в Токіо.

Окрім синто, буддизму і християнства в Японії представлені численні новітні японські секти, що оформилися після 19 століття, а також рухи, що виросли на базі нью-ейдж. За урядовою статистикою 2008 року загальна кількість їхніх послідовників становила трохи більше 9 мільйонів осіб. На 2000 рік серед цих сект найбільшими були секта тенріїстів (1,8 млн) та Церква «Перфект Ліберті» (1,3 млн).