Японські острови, які простягаються з півночі на південь, лежать у шести кліматичних зонах.

Зона Хоккайдо

Найпівнічніший регіон помірного клімату з холодними зимами і прохолодним літом. Опади не часті, але взимку острови вкрито глибоким снігом.

Зона Японського моря

Західне узбережжя острова Хонсю є місцем частих і сильних опадів, особливо взимку. Влітку прохолодно, хоча інколи, завдяки вітру Фен, буває надзвичайно спекотно.

Зона Центральногірська

Типовий континентальний клімат зі значними коливаннями температури взимку і влітку, вночі і вдень. Опади помірні.

Зона Внутрішнього Японського моря

Гори Тюґоку і Шікоку перешкоджають сезонним вітрам, забезпечуючи порівняно теплу погоду впродовж цілого року. Клімат середземноморський.

Зона Тихого океану

Східне узбережжя японського архіпелагу характеризується холодними зимами з невеликою кількістю снігопадів, та спекотним і вологим літом завдяки південно-східним вітрам.

Зона Південних островів

Острови Рюкю лежать у субтропічному кліматичному поясі, де зима і літо теплі. Опади дуже значні, особливо влітку. Частими є тайфуни.

Сезон дощів починається у травні на Окінаві і закінчується наприкінці липня на Хоккайдо, проносячи дощовий фронт уздовж усього архіпелагу на північ. У центральних областях Японії сезон триває впродовж декількох тижнів, починаючи з середини червня. Наприкінці літа та на початку осені тайфуни приносять сильні дощі.