Їхні особливості обумовлено відносною ізоляцією Японського архіпелагу від Азійського континенту та протяжністю архіпелагу з півночі на південь. За даними Союзу біологічної систематики Японії, станом на 2003 у країні налічувалося понад 600 видів бактерій, 6200　видів найпростіших, 9300 видів рослин, близько 13 тисяч видів грибів та понад 60 тисяч видів тварин. Значна їх частка є ендемічними та реліктовими видами, які за межами Японії не зустрічаються.

Представників фауни Японії класифікують за двома регіонами — палеоарктичним та індомалайським. До першого входять території Хоккайдо, Хонсю, Шікоку та Кюсю, а до другого — Рюкю та південні острови.

Через острівної ізоляції Японії тваринний світ кілька збіднений порівняно з материковим (а форми подрібнені), але в країні збереглося багато ендемічних і реліктових видів. Її фауна налічує 270 видів ссавців, близько 800 видів птахів і 110 видів плазунів. У морях, що омивають країну, мешкає понад 600 видів риб і більше 1000 видів молюсків. Через гірського рельєфу в основному переважають види, пристосовані до життя в гірських лісах.

На острові Хоккайдо зустрічаються бурий ведмідь, соболь, горностай, ласка. Крім того, там і на острові Хонсю живуть вовки, лисиці, борсуки, єнотовидні собаки, видри і зайці. Південніше Сангарский протоки живуть чорні ведмеді, японські макаки, антилопи, велетенські саламандри. На південь від протоки Тогара в Японії мешкає тропічна фауна.

З птахів зустрічаються дятел, дрізд, синиця, ластівка, шпак, тетерев, журавлі, лелека, яструб, орел, сови, біля берегів багато морських птахів. Прісноводні риби - короп, сом, вугор, міноги; штучно розводять вугрів і лососевих, в тому числі форель. Промислові риби прибережних вод: тихоокеанський оселедець, івасі, тунець, тріска, камбала. Є також краби, креветки, устриці.

Ліси покривають понад 66% країни. Флора Японії налічує понад 700 видів дерев і чагарників і близько 3000 видів трав.

На Хоккайдо переважають хвойні ліси з ялини та ялиці з густими заростями бамбука в підліску. З висотою ліс поступово замінюється заростями кедрового стланика і березняка, трав'янисто-чагарниковими формаціями і чагарниковими пустками. На півночі острова верхня межа хвойних лісів складає 500 м, в південних районах вони змінюються листопадними широколистяними лісами. На південному заході Хоккайдо широколисті ліси піднімаються від узбережжя до висоти 500 м.

На Хонсю також поширені листопадні широколисті ліси, там ростуть дуб, бук, клен, каштан, ясен, липа і т. д. Вони піднімаються до висоти в 1800 м, а хвойні ліси закінчуються на висоті 1800-2000 м. Нижні частини схилів гір Хонсю на південь від 38 ° північної широти і схили гір на островах Сикоку і Кюсю до висоти 800 м покривають вічнозелені субтропічні ліси (за участю вічнозеленого дуба, магнолій, камфорного дерева, криптомерій, японського кипариса та ін) з багатим підліском і великою кількістю ліан. На крайньому півдні Кюсю і островах Рюкю до висоти 300 м поширені мусонні ліси, в яких зустрічаються пальми, фікуси, деревоподібні папороті, бамбук, орхідеї.

Серед рослин особливе місце посідає японська слива - сакура.