Кордони японської держави встановилися на межі нової і новітньої епохи. У середині 19 століття її суверенітет поширювався на всю територію Японського архіпелагу за винятком південного ванства Рюкю на Окінаві, що перебувало у подвійній васальній залежності від Японії та Китаю. 1879 року японський уряд скасував ванство, перетворивши його на японську префектуру. Північні кордони Японії визначалися японсько-російськими договорами 1854 і 1875 років. Вони визнавали належність японській стороні острова Хоккайдо та усіх Курильських островів. 1895 року, після першої японсько-китайської війни, Японія захопила Тайвань та Пескадорські острови, а 1905 року, в результаті японсько-російської війни, отримала південну частину острова Сахалін та концесії в Маньчжурії. 1910 року вона анексувала Корею, а після Першої світової війни отримала мандат Ліги Націй на керівництво тихоокеанськими островами північніше екватора. Через поразку Японії у Другій світовій війні площа країни, що становила близько 680 тисяч км², скоротилася вдвічі, а Окінава і Курили з південним Сахаліном опинилися під окупацією США та СРСР. 1971 року американці повернули Окінаву японському уряду, однак північні території залишилися під окупацією СРСР. Внутрішні води Японії простягаються на 12 морських миль від японського берега, а морська промислова зона — на 200 морських миль. Країна має невизначений кордон в районі Курильських островів, острова Такесіма та островів Сенкаку.

Японія визнала незалежність України 28 грудня 1991 року та встановила дипломатичні відносини з нею 26 січня 1992 року. 1995 року Україна відкрила своє посольство у Токіо.